Литературные фанфики, как и любые другие литературные произведения могут быть представлены в виде рассказов, повестей, романов, стихов, пьес. Нельзя сказать, что есть какая-то общепринятая классификация фанфиков. Но фанфики делят на категории по разным признакам, например:

По наличию в сюжете любовной линии:
«Джен» (от англ. general audience) — любовная линия отсутствует или малозначима, «просто приключения». Термин появился из сокращенного «general audience», любая аудитория, и восходит к системе рейтингов, принятых в кино.
«Гет» (от «гетеросексуальный») — любовная линия определяющая, описываются отношения между разнополыми героями.
«Слэш», или «слеш» (от англ. slash — значок косой черты) — фанфик, в котором присутствуют романтические и сексуальные отношения между представителями одного пола, фанфик, содержащий описания или упоминания о гомосексуальном поведении или чувствах. Согласно легенде, термин произошел от обычая объединять персонажей наклонной чертой (слэшем) в графе пейринг.
Фем-слэш (англ. fem-slash) — фанфик, в котором описаны романтические и/или сексуальные отношения между женскими персонажами.

По соответствию реалиям мира оригинала:
«AU» (от англ. Alternative Universal) — есть значимые расхождения или даже противоречия с миром оригинала.
«не-AU» (не имеют специального жаргонизма) — расхождений с миром оригинала нет, или они спорны либо малозначимы.

По соответствию характера героев фанфика их характеру в оригинале:
«OOC» (от англ. Out Of Character) — есть значимые расхождения или даже противоречия с характерами в оригинальном произведении.
«В характере» — расхождений с характерами героев в оригинале нет, или они спорны либо малозначимы.

По способу создания:
Обычный фанфик (не имеет специального жаргонизма).
«Round robin» и смежная с ним «ролевка» — фанфик, созданный группой авторов, каждый из которых по очереди пишет свой кусочек. Как правило, они отличаются резким переходом между частями и несогласованностью стиля.
Сонгфик (англ. song-fic) — фанфик, в котором пространно (занимает сравнимый с авторским текстом объем произведения) цитируется какая-либо песня (не авторства создателя фанфика).
Кроссовер (англ. crossover) — фанфик, в котором используются реалии нескольких фэндомов одновременно.

По соответствию общему определению:
Собственно фанфик (не имеет специального жаргонизма).
RPF (англ. real person fiction) — героями данных произведений являются реально существующие люди, как правило, знаменитости. Хотя RPF не подходит под строгое определение фанфика (используются не вымышленные персонажи), но по всем остальным признакам им является. Один из наиболее спорных с точки зрения морали и законности видов фанфикшена.
RPS (англ. real person slash) — описываются гомосексуальные отношения между реальными людьми, не заявлявшими открыто о своей гомосексуальной ориентации.
Профанфик (англ. profic) — профессиональные художественные произведения, в которых различные авторы описывают приключения героев в мире, созданном кем-то другим. Профанфики пишутся с целью извлечения прибыли, продаются в книжных магазинах и противопоставляются фанфикшену. В качестве примера можно привести книжные серии по вселенным «Dragonlance», «Star Wars», «Warhammer», или любой другой коммерчески успешной вселенной, авторы которой допускают франчайзинг. Как и RPF, не отвечает строгому определению «фанфика», но де-факто им является.
Филк (Filk) — фанфик в виде песни.

По наличию персонажей, придуманных автором фанфика:
Фанфик только с персонажами исходного произведения (не имеет специального жаргонизма).
OC (от англ. Original Character), «Оригинальный персонаж» — с наличием персонажей, придуманных автором фанфика.
OFC (от англ. Original Female Character), «Оригинальный женский персонаж». Часто, но не всегда, превращается в Мэри Сью.
OMC (от англ. Original Male Character), «Оригинальный мужской персонаж». Часто, но не всегда, превращается в Марти Стью.
Вписка (англ. Self-insertation) — так называют случаи, когда автор тем или иным образом «вписывает» себя в контекст своего фанфика. Не обязательно Мэри Сью или Марти Стью, но близкое явление.
Мэри Сью (англ. Mary Sue), иногда Мэрисья или Машка — оригинальный персонаж, согласно общему мнению, являющийся воплощением либо самого автора, либо того, какой автор хотела бы быть (явление присуще только женским фанфикам). Мэри Сью обычно сногсшибательно прекрасны и неописуемо умны. Как правило, у них весьма необычный цвет глаз и волос, сложное мелодично звучащее имя, бурное прошлое и сверхъестественные способности. Обычно они появляются, затмевают всех прочих героев, ложатся в постель с героями канона, привлекательными для автора, а затем спасают мир. Вслед за спасением мира они либо выходят за канонического героя замуж, либо погибают героической смертью. Мэри Сью является пренебрежительным определением. Явление свойственно не только фанфикам, хотя определение появилось для героинь именно фанфикшена (некоторые литературные героини женщин-авторов по всем признакам подходят под определение Мэри Сью). Героиня, появившаяся как Мэри Сью, может в редких случаях стать полноправным OFC.
Марти Стью, он же Марти Стю (англ. Marty Stu) или Морис Стю (Maurice Stu) (возможны любые мужские имена: Герти, Мэтти, вариации фамилий — Сью и Стю, иногда встречается пренебрежительный вариант Мерисей) — мужская ипостась Мэри Сью. Появляется затем, чтобы очаровать героиню. Встречается несколько реже средней Мэри Сью. Встречаются гетеро- и гомосексуальные Марти Сью (последние в слэш-фиках).